Cara Statistik Mengukur Liputan Ciri Dalam Data?

1. Bagaimana anda mengira kedalaman liputan?
2. Bagaimana anda mengira liputan urutan?
3. Bagaimana anda mengira liputan purata dalam bam?
4. Bagaimana samtools mengira liputan?

Bagaimana anda mengira kedalaman liputan?

Kedalaman liputan genom dikira sebagai bilangan pangkalan semua bacaan pendek yang sepadan dengan genom yang dibahagikan dengan panjang genom ini.

Bagaimana anda mengira liputan urutan?

Kita boleh menggunakan liputan sebagai bilangan purata kejadian dan y sebagai bilangan tepat kali asas disusun, dan kemudian mengira kebarangkalian yang akan berlaku: p (y = 3) = (6.33 × E-6.3)/3! = 0.077 Sudah tentu, ini adalah nilai untuk tepat 3.

Bagaimana anda mengira liputan purata dalam bam?

Sekiranya anda ingin mendapatkan liputan purata: Tambahkan produk pangkalan setiap liputan [2* 4+3* 28+4* 10+... ] dan bahagikan dengan jumlah pangkalan [137928].

Bagaimana samtools mengira liputan?

Aplikasi ini mengira kedalaman di setiap kedudukan atau rantau dan menghasilkan histogram atau jadual liputan setiap kromosom dari fail bam input. Fail bam input telah disusun mengikut kedudukan atau nama, jika tidak, ia akan memberikan ralat. Jika tidak, output akan menjadi jadual.