Mengeluarkan variasi yang tidak diingini dari data penjujukan RNA berskala besar dengan PRP

1. Bagaimana anda menormalkan data ekspresi gen?
2. RNA mana yang mesti dikeluarkan dari sampel sebelum melakukan RNA SEQ?
3. Bagaimana anda menormalkan rpkm?

Bagaimana anda menormalkan data ekspresi gen?

Normalisasi dicapai dengan membahagikan nilai ekspresi dengan jumlah intensiti (i.e., jumlah semua nilai ekspresi) dari array yang diberikan. Pemusatan¹¹ mengandaikan bahawa peraturan berkelakuan baik, i.e., Kebanyakan gen tidak dikawal dengan ketara atau kira-kira bilangan gen yang sama adalah dan dikawal selia.

RNA mana yang mesti dikeluarkan dari sampel sebelum melakukan RNA SEQ?

RNA ribosom (rRNA) adalah komponen yang paling banyak dari jumlah RNA yang diasingkan dari sel dan tisu manusia atau manusia, yang terdiri daripada majoriti (>80% hingga 90%) daripada molekul dalam sampel RNA total⁷. Untuk membolehkan pengesanan transkrip/gen yang cekap, rRNA yang sangat banyak mesti dikeluarkan dari jumlah RNA sebelum penjujukan.

Bagaimana anda menormalkan rpkm?

Inilah cara anda melakukannya untuk RPKM: Kira jumlah bacaan dalam sampel dan bahagikan nombor itu sebanyak 1,000,000 - ini adalah faktor skala "per juta" kami. Bahagikan jumlah bacaan oleh faktor skala "per juta". Ini menormalkan kedalaman penjujukan, memberi anda bacaan per juta (rpm)